KDEなどのデスクトップ環境で優先されているウインドウマネージャのAlt+Click設定を変更する。
KDEシステム設定の[ウィンドウの挙動] > [ウィンドウの挙動]タブで修飾キーという設定項目をMetaに変更する。 参考: アクティブにして前面に、そしてクリックを渡す : 帆船堂 電算STUDIO